- Ban Giám đốc: 01 Giám đốc và 02 Phó Giám đốc.
+ Phòng Giám đốc. Điện thoại: 02437335805

- Trung tâm có 06 phòng chuyên môn và 01 phòng chức năng. Cụ thể:
+ Phòng Kế hoạch, Tổng hợp. Điện thoại: 02437335686.
+ Phòng Đào tạo và bồi dưỡng nghiệp vụ. Điện thoại: 02432151013
+ Phòng Nghiên cứu Chính sách và Khoa học. Điện thoại: 02437340605
+ Phòng Công nghệ Viễn thám và Mô phỏng thiên tai. Điện thoại: 02436291511
+ Phòng Kỹ thuật Phòng chống thiên tai và Đê điều. Điện thoại: 02436291513
+ Phòng Thông tin và Dữ liệu: 02436291511