Quy trình lồng ghép được Thông tư này hướng dẫn như sau: Trước tiên, cần rà soát, đánh giá việc thực hiện nội dung phòng, chống thiên tai trong thực hiện quy hoạch, kế hoạch của giai đoạn trước; Phân tích tình trạng và khả năng chống chịu thiên tai của các đối tượng dễ bị tổn thương trong tương lai về kinh tế, xã hội và môi trường (Sự khác nhau về tình trạng dễ bị tổn thương theo giới tính, thu nhập, độ tuổi, trình độ nhận thức…; Các nhóm dễ bị tổn thương; Các nhóm cư trú tại khu vực dễ bị tổn thương do thiên tai); Xác định các nguyên nhân dẫn đến thiệt hại của từng lĩnh vực; Xác định các giải pháp phòng, chống thiên tai theo thứ tự ưu tiên phù hợp với các loại hình thiên tai thường xuyên xảy ra; và cuối cùng là giám sát, đánh giá việc thực hiện lồng ghép.
Trong đó, đối với quy hoạch, việc đánh giá kết quả lồng ghép phải được thực hiện sau mỗi ¼ kỳ quy hoạch; kết thúc kỳ quy hoạch đánh giá một lần; đối với kết hoạch, mỗi năm đánh giá 01 lần, kết hợp với việc đánh giá kết quả thực hiện kết hoạch của năm trước, xây dựng kế hoạch năm sau, kết thúc kế hoạch 5 năm đánh giá một lần kết hợp cùng với việc đánh giá kết quả thực hiện kế hoạch của 5 năm trước để chuẩn bị xây dựng kế hoạch 5 năm sau…
Chi tiết thông tư có thể tải tại đây