Từ nay đến năm 2015, hệ thống công trình thủy lợi chống ngập úng cho vùng trung tâm thành phố Cần Thơ sẽ được xây dựng với các hạng mục: 24 cống tiêu thoát nước với tổng khẩu độ 259 m; 2 âu thuyền tại sông Trà Nóc, Bình Thủy với khẩu độ 10m mỗi âu; nạo vét 109 km kênh trục, kênh cấp I; nâng cấp 133,5 km đê bao cấp I; xây dựng mới 6 trạm bơm tiêu với 15 tổ máy (loại 10.800m3/giờ); nâng cấp, xây dựng mới hệ thống kênh và bờ bao cấp II, kênh nội đồng. Phần ngoài đô thị, sẽ nạo vét 175km các kênh trục và kênh cấp I để tăng cường khả năng tiêu thoát.

Sau năm 2015, Cần Thơ xây dựng hệ thống thủy lợi còn lại của khu trung tâm thành phố với các hạng mục: 152 cống tiêu thoát nước với tổng khẩu độ 555m; nạo vét 129 km kênh trục, kênh cấp I; nâng cấp, bổ sung 156 km đê bao cấp I; xây dựng mới 29 trạm bơm tiêu với 93 tổ máy (loại 10.800m3/giờ); nâng cấp, làm mới hệ thống kênh cấp II và kênh nội đồng. Phần ngoài đô thị, tiến hành nạo vét 205 km kênh trục, kênh cấp I; nâng cấp, bổ sung 614 km đê bao cấp I, hệ thống kênh cấp II, cống tiêu, kênh nội đồng, bờ bao cấp II, cầu giao thông. Toàn bộ khu đô thị được phân thành 18 ô bảo vệ, rộng 48.000 ha (chủ yếu theo kênh cấp I) với diện tích từ 600 ha đến 4.300 ha mỗi ô. Các công trình bảo đảm dung tích nước trữ cho vùng nội thành tối thiểu là 10% và 20% đối với khu vực đô thị đang phát triển thuộc các quận, huyện còn lại; tạo bề mặt thấm, vùng đệm, vùng đất ngập nước nhằm trữ nước mưa, gia tăng lượng nước bổ sung cho tầng nước ngầm, giảm sự hình thành dòng chảy mặt, hạn chế tình trạng ngập úng cục bộ do mưa lớn thời đoạn ngắn, giảm tải cho hệ thống thoát nước của thành phố. 

Hệ thống tiêu nước bảo đảm tiêu thoát nước, tự chảy cho diện tích đất trồng lúa hai vụ. Đối với đất trồng lúa 3 vụ, bố trí thêm máy bơm phục vụ tiêu thoát khi cần thiết. Đối với vườn cây ăn trái ở các huyện Phong Điền, Ô Môn, Thốt Nốt, ven sông Cần Thơ, sông Hậu, được bao ô theo hệ thống sông rạch tự nhiên, tại mỗi cửa lấy nước đều có cống đóng mở hai chiều. Mùa mưa lũ, các cống được đóng khi triều lên và mở ra khi triều xuống. Phần ngập lũ trong mưa không có khả năng tự chảy sẽ được giải quyết bằng bơm. Hệ thống ao nuôi thủy sản được bố trí theo mô hình liên hoàn: ao xử lý sơ bộ, ao nuôi chính và ao chứa nước thải. Giải pháp tiêu chủ yếu là sử dụng các trạm bơm. Đối với thủy sản nuôi trên ruộng thì áp dụng biện pháp tiêu nước tự chảy kết hợp bơm. 

Nhiều năm qua, vùng nội thành thành phố Cần Thơ thường xuyên bị ngập trong mùa lũ, triều cường và sau những cơn mưa lớn, gây trở ngại cho sản xuất kinh doanh và sinh hoạt của người dân.